研究所设有5个职工党支部，1个研究生党总支（下设2个研究生党支部）。
职工党支部：病原科学党支部、免疫学党支部、疫苗学党支部、支撑党支部、行政党支部
研究生党总支下设：硕士研究生党支部、博士研究生党支部
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