支撑平台
研究所围绕传染病防控应用基础研究领域，以技术链条为准线，构建了链条式技术创新服务体系，建立了公共技术服务中心，下设功能鲜明的四个技术平台：实验动物平台、公共仪器与测试分析平台、电镜平台、病原发现与大数据平台。深度融合、统筹规划、科学管理、开放共享，提供高效优质的技术服务，为建设国际一流的研究所提供强有力的技术支撑。技术中心服务形式主要有技术咨询、技术服务、技术开发、技术转让和检测服务。
实验动物平台成立于2013年10月，位于上海市岳阳路320号生命科学楼B座9楼和10楼。作为可同时进行细胞与小鼠感染的生物安全二级实验室（BSL2/ABSL2）与SPF屏障体系结合的技术支撑平台，不单是提供高品质的SPF级小鼠使用，更是在仪器设备能供应从动物饲养繁育、病原体感染建模、病原体内成像、免疫病理分析、抗病原体药物疫苗评价的技术链条支撑保障。
公共仪器与测试分析平台主要有光学成像、流式、大分子、病理、质谱、通用分析等大型仪器以及辅助保障部分，可以提供组织和细胞形态学的影像分析、流式细胞分析与分选、蛋白分离纯化与鉴定、抗体疫苗的上游工艺与研发等技术支持和服务。
电镜平台配备带二级生物防护能力的样品制备间和电镜机房，配置Titan Krios(配备GIF K3/Falcon4/Volta Phase Plate)、ARM300II(配备相位板和能量过滤的K3)、Talos L120C等高中低全套电镜，以及聚焦离子束（Aquilos dual-beam)、冷冻光电联用Stellaris、高压冷冻、冷冻超薄切片(UC7/FC7)、直喷冷冻仪(Chameleon)等观测和制样设备，并且配有数十GPU节点的数据处理超算系统，可以提供负染、超薄切片、冷冻电镜（单颗粒、冷冻断层、微晶衍射学）等技术支持与服务。
病原发现与大数据平台致力于提供病原体分离和鉴定、菌毒种保藏、高通量测序、试剂盒研发及组学数据分析等技术服务。高度整合了“新发传染病发现、鉴定检测、大数据分析、资源保藏”等核心技术平台，建立有效的病原综合鉴定技术手段，为研究所建立高标准的前沿科学研究中心，以及新发传染病预测与防控体系的搭建提供有力支撑。
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